Le combat entre les Ninjas de Konoha et le duo immortel de l'Akatsuki prend fin. Grâce à son nouveau Jutsu, Naruto défait Kakuzu tandis qu'Hidan est enterré vivant par Shikamaru. L'équipe 10 et 7 rentrent au village avec le corps du zombie. Tsunade l'examine et interdit au jeune blond d'utiliser sa nouvelle technique. Pendant ce temps, Orochimaru va de plus en plus mal, son état empire de jour en jour. Jugeant qu'il n'avait plus rien à lui apprendre, Sasuke profite de la faiblesse du serpent blanc pour l'attaquer. Ce dernier se montre alors sous sa véritable forme, un serpent blanc, et met en place son fameux rituel, tentant de s'emparer du corps de l'Uchiha. Celui-ci riposte, met fin au rituel et le tue, ou plutôt, absorbe son existence. Après ce meurtre, il quitte le repaire sous les yeux ébahis de Kabuto, ce dernier s'implantant les restes de son maître. De son côté, Sasuke libère une des expérience du Sannin décédé enfermé dans un bocal , qu'on dénomme Suigetsu, lui ordonnant de le suivre. Il lui explique qu'il est le premier sur sa liste, que deux autres viendront les rejoindre et qu'à eux quatre ils formeront une équipe. Ils vont ensuite chercher la deuxième personne, Karin, gardienne du repaire Sud. Puis, la dernière personne, Juugo, détenteur de l'originale marque maudite. Après avoir arrêté un duel entre Suigetsu et ce dit Juugo, Sasuke quitte les lieux avec sa nouvelle équipe. Il leur explique alors leur objectif : tuer Itachi Uchiha, son frère ainé. Hebi est né.

L'Akatsuki se réunit. Pain fait part de la nouvelle à ses membres. Il annonce la mort d'Hidan et de Kakuzu, puis prévient Itachi et Kisame que Sasuke a réuni quelques ninjas pour les tuer, mais tous les autres membres doivent rester sur leurs gardes aussi. Ils se mettent ensuite à sceller Yonbi, le démon à quatre queues. Tout se met en route ... le duo Deidara et Tobi se met à la poursuite de Sasuke et de son équipe et de Kakashi et Naruto ... Hebi se met à la recherche d'Itachi après s'être muni à une armurerie anciennement utilisée par les Uchiha ... Kakashi compose une unité pour attraper les membres de l'Akatsuki afin de remonter jusqu'à Itachi, puis à Sasuke. Cette unité de traque est composée de Hatake Kakashi, Yamato, Inuzuka Kiba, Haruno Sakura, Uzumaki Naruto, Saï, Hyuuga Hinata et Aburame Shino.

Quelle différence y a-t-il entre un héros national et un criminel de guerre ? Cela tient simplement sur des circonstances historiques, selon que l'on soit dans le camp des vainqueurs ou dans celui des vaincus. Orochimaru était craint et respecté, on le prenait pour un être immortel qui défie la loi du temps, mais depuis sa défaite face à l'Uchiha, tout le monde le prend pour un fou qui s'est brûlé les ailes à vouloir voler jusqu'au soleil... Ce sont les gagnants qui écrivent l'histoire, c'est pour cette raison qu'il faut se battre pour ses idées, se battre pour ne pas se faire oublier, pour montrer au monde qu'on a une autre vision de celui-ci. Vous qui lisez ceci, ce que j'écris, quelle vision du monde voudrez-vous instaurer ? Voudrez-vous qu'on se souvienne de vous comme du sage qui protège la veuve et l'orphelin ? Ou comme un déserteur sans foi ni loi qui égorge les fermières ? Nous avons créé la salle de théâtre, enfilez vos costumes et venez nous rejoindre ! Instaurez la paix et la prospérité ou la haine et la misère !